Este artigo apresenta a investigação com o conteúdo de Geometria Analítica e a teoria de Duval sobre os Registros de Representação Semiótica utilizando o Sistema Integrado de Ensino e Apendizagem (SIENA). A pesquisa visou investigar as dificuldades de alunos de Licenciatura em Matemática na conversão dos Registros em Geometria Analítica, nos conteúdos de Reta e Circunferência, e as possíveis contribuições do sistema SIENA para a identificação destas possíveis dificuldades e na recuperação individualizada destes conteúdos. Adotou-se a metodologia qualitativa, com ênfase no método de estudo de caso. Abrangeu dez alunos do curso de Licenciatura em Matemática, da Universidade Luterana do Brasil/Canoas. Constatou-se que os acadêmicos, na realização das conversões propostas nas questões, apresentaram uma compreensão limitada destes conteúdos, tendo dificuldades de visualização, interpretação e abstração, e dificuldades em realizar tratamentos requeridos pelas questões nos testes realizados. Após estudos de recuperação, no SIENA, os alunos apresentaram melhora em seu desempenho.